Активность Петра очень сильно тревожила царевну Софью. Она прекрасно понимала, что с наступлением совершеннолетия её брата, ей придётся оставить престол. Одно время царевна думала короноваться, чтобы таким образом закрепить власть за собой, но не решилась осуществить это намерение. У Софьи было немало сторонников, недовольных «вторым» царём.

Кроме стрельцов, давно ей преданных, она могла рассчитывать на всех тех, кто был за старые обычаи. С другой стороны, приверженцы Петра, группировавшиеся вокруг его матери, Льва Нарышкина и князя Бориса Голицына, считали, что Пётр может стать деятельным царём, и постоянно твердили Петру, что наступает пора положить предел властолюбию правительницы Софьи.
Крымские походы, осуществлённые приближённым князем царевны Василием Голицыным, окончились неудачно, вызвав недовольство в народе. Сторонники Петра решили использовать эту неудачу царевны для своей выгоды, и 8 июля 1689 года Пётр впервые выступил против сестры-правительницы. В этот день совершался крестный ход из Кремля в Казанский собор, основанный князем Д.М.Пожарским в память освобождения Москвы от поляков. Царь Иван и Пётр участвовали в шествии. Явилась и царевна Софья. Но по окончании обедни, когда торжественное шествие готово было тронуться, Пётр подошёл к сестре и объявил, чтобы она не смела участвовать в процессии. Но она не смутилась. Софья чувствовала за собой силу и приняла вызов: взяла в руки образ Пресвятой Богородицы и пошла за крестами и хоругвями. Не подготовленный к такому исходу дела, Пётр рассердился, оставил ход, ушёл в Архангельский собор и оттуда уехал в село Коломенское. Данный поступок Петра вызвал некоторый переполох в обществе: кто-то полагал, что царевна Софья собирается напасть со стрельцами на Преображенское, кто-то говорил, что царь Пётр захватит с «потешными» Кремль.