Петр I открыл новую эру, в которой управление церквью было полностью изменено: согласно церковной реформе Петра Первого вместо патриарха или митрополита во главе церкви стоял святейший правительствующий синод, который состоял из епископов и не духовных чиновников, назначаемых Императором.

Царь Петр произвел многочисленные реформы в своей стране с целью создать и развить новое правление, военную и военно-морскую системы, которые дали бы возможность России вести торговлю, конкурировать и, при необходимости защищать интересы России в Европе при помощи вооруженных сил. Жесткость, с которой он внедрял правительственные и налоговые реформы и принудительное возведение нового стольного города Санкт Петербурга, не предвещало ничего хорошего независимости церкви.

Когда Патриарх Адриан умер в 1700, Петр не позволил выбрать нового патриарха, а вместо этого назначил Стефана Яворского в качестве патриархального «экзарха», или временного заместителя. Яворский был молодым профессором из Киевской ортодоксальной академии, он прошел подготовку в Иезуитской академии в Польше и отстаивал патриархат и независимость церкви. Постепенно Петр начал оказывать покровительство другому профессору из Киевской академии, Теофану Прокоповичу, чей Духовный Регламент поддерживал концепцию русской национальной церкви во главе с царем «верховным епископом» и отстаивал мнение, что правление духовного консула было бы более уместным, чем единого патриарха.

В 1721 году, Петр I поручил управление церковью Духовной Коллегии (слово «коллегия» было заимствовано из Шведской системы управления, Петр использовал этот термин для своих правительственных министерств, каждое из которых возглавлял целый комитет вместо одного министра). Духовная Коллегия была вскоре переименована в Святейший Правительствующий Синод, во главе которого стоял оберпрокуратор. Через время состав синода поменялся, но в целом он так и остался комитетом, состоящим из духовных лиц во главе с не церковным представителем Императора.

Титул патриарха был восстановлен лишь в 1917, когда Церковный Собор всея Руси избрал Святого Тихона Патриархом московским. После Февральской революции и отречения от престола царя 15 марта, Синодальная верховная церковь во главе с временным правительством созвало церковный собор, который открылся 15 августа, Успение Пресвятой Девы Марии. Собрание продолжалось, несмотря на начало Октябрьской революции, в результате собрания 5 ноября 1917 года был избран Патриарх Святой Тихон. Много других вопросов было освещено и решено в соборе, включая децентрализацию администрации церкви, позволение женщинам принимать участие в руководстве церковью, и решение о праве священника иметь голос в церкви наряду с епископами. Петровское Синодальное высшее церковное правление и оберпрокуратор, появившиеся в результате церковной реформы Петра Первого, навсегда прекратили свое существование.